Εποχικότητα
Η συλλογή και η συγκέντρωση των διαφόρων μορφών βιομάζας δεν κατανέμεται ομοιόμορφα σε όλη τη διάρκεια του έτους, αρχίζει την άνοιξη, συνεχίζεται το καλοκαίρι (άχυρο, αγριαγκινάρα) και τελειώνει το φθινόπωρο (στελέχη καλαμποκιάς και βαμβακιάς). Για να διασφαλιστεί η αδιάλειπτη τροφοδοσία της μονάδας παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας, θα πρέπει να προβλεφθεί η δυνατότητα αποθήκευσης της ποσότητας που προβλέπεται να αναλώνεται τους χειμερινούς μήνες. Κάποιες μορφές δασικής βιομάζας (π.χ. Κορμοί δένδρων)  μπορούν να αποθηκευτούν σε ανοιχτό χώρο χωρίς ιδιαίτερο πρόβλημα σε αντίθεση με κάποιες άλλες που απαιτούν ειδικές συνθήκες αποθήκευσης ή ειδική επεξεργασία πριν από αυτήν, ώστε να αποφευχθούν προβλήματα όπως η αποσύνθεση και η αυτανάφλεξη. Αυτό μπορεί να συμβεί στην περίπτωση στελεχών καλαμποκιού ή βαμβακιού  που περιέχουν υγρασία μεγαλύτερη από κάποιο όριο.
 
Ποικιλομορφία
Η κάθε πρώτη ύλη έχει διαφορετική μορφή και ιδιότητες όμως για να επιτευχθεί  η επιτυχής διαχείριση και αξιοποίησή της απαιτείται διαφορετικός χειρισμός και επεξεργασία με ειδικά συστήματα. Με την επεξεργασία συγκεκριμένα επιδιώκεται: 
  • Η τυποποίησή της ώστε να αποκτήσει τις απαραίτητες προδιαγραφές αλλά και ιδιότητες
  • Η αποθήκευσή της για ενδεχόμενη χρήσης στο μέλλον
  • Η παροχή ασφάλειας στον εργαζόμενο, στον εξοπλισμό αλλά και στο περιβάλλον
  • Η εύκολη μεταφορά της στον κάθε ενδιαφερόμενο
Υγρασία
Η περιεκτικότητα της πρώτης ύλης σε νερό προκαλεί μείωση της θερμικής της αξίας , αφού το νερό είναι άκαυστο υλικό. Στην αστική βιομάζα (κλάδεμα δένδρων, κούρεμα γκαζόν, καθαρισμός κήπων) περιέχεται το μεγαλύτερο ποσοστό υγρασίας (μεγαλύτερο από 70%) το μικρότερο εκτιμάται στην αγροτική βιομάζα (άχυρο, αγριαγκινάρα) 8-15% ενώ τέλος στην δασική βιομάζα η περιεκτικότητα σε υγρασία φτάνει στο 30% περίπου. Ο υπολογισμός της υγρασίας κρίνεται αναγκαίος καθώς μπορεί να ασκήσει επίδραση:
  • Στο κόστος ξήρανσης αλλά και στη φόρτωση του εξοπλισμού ξήρανσης
  • Στον τρόπο διαχείρισης ή αποθήκευσης της βιομάζας. Κρίνεται αναγκαίος ο άμεσος εντοπισμός της πρώτης ύλης με υψηλή υγρασία και η ανάγκη έγκαιρης λήψης μέτρων, καθώς αλλιώς διατρέχεται κίνδυνος αυτανάφλεξης.
  • Στο ακριβές κόστος αγοράς της πρώτης ύλης. Αν υποεκτιμηθεί θα αυξήσει το κόστος της προμήθειας της καύσιμης πρώτης ύλης ενώ αν υπερεκτιμηθεί θα οδηγήσει σε τυχόν παρεξηγήσεις με τους προμηθευτές της βιομάζας στην περίπτωση της αγοράς βάσει βάρους.
Τέφρα
Είναι το υπόλειμμα που απομένει μετά την καύση. Η τέφρα θεωρείται επίσης μία κρίσιμη παράμετρος διότι συμβάλλει:
  • Στην αύξηση του κόστους καθαρισμού του εξοπλισμού καύσης ή αεριοποίησης της βιομάζας
  • Στην αύξηση του κόστους καθαρισμού των καυσαερίων από την λεγόμενη  ιπτάμενη τέφρα
  • Στη μείωση της διάρκειας ζωής του εξοπλισμού καύσης, αεριοποίησης, εναλλακτών θερμότητας
  • Στην αύξηση του κόστους διαχείρισης αφού η τέφρα απαιτεί ασφαλή διάθεση κάτι που απαιτεί και παραπάνω κόστος. 
  • Στην αύξηση του κόστους κτήσης της καύσιμης πρώτης ύλης. Όσο μεγαλύτερη είναι η περιεκτικότητα σε τέφρα τόσο μικρότερη είναι η θερμική αξία της βιομάζας. 
Σύνθεση τέφρας
Η περιεκτικότητα της τέφρας σε κάποια στοιχεία όπως το K, Na, Si είναι δυνατόν να προκαλέσει μεγάλα προβλήματα αλλά και καταστροφές στον εξοπλισμό αξιοποίησης της βιομάζας. Δημιουργούνται τήγματα που επικάθονται στον καυστήρα, στο λέβητα, στον αεριοποιητή, στους εναλλάκτες και στα συστήματα καθαρισμού των καυσαερίων. Τέλος, η περιεκτικότητα της βιομάζας σε CI, S, N απαιτεί ειδικό χειρισμό για να αποφευχθεί η διάβρωση του εξοπλισμού, αλλά κυρίως η εκπομπή αέριων ρύπων. Λύση στο πρόβλημα αυτό μπορεί να επιτευχθεί με τη δημιουργία μιγμάτων βιομάζας, την προσθήκη διαφόρων πρόσθετων και με την μείωση της θερμοκρασίας καύσης, αεριοποίησης ή πυρόλυσης.